El equipo de investigación de la Dirección de Investigación y Memoria fue creado en el año 2005 con el objetivo de indagar acerca del terrorismo de Estado perpetrado por la última dictadura cívico-militar y sus consecuencias en la sociedad bonaerense. Su conformación multidisciplinaria tiene como objetivo aportar pruebas en las causas donde se juzgan delitos de lesa humanidad, en particular en aquellas causas donde la Subsecretaría es querellante, labor llevada a cabo coordinadamente con el equipo de abogados que representan a la Subsecretaría.
Al mismo tiempo, este equipo tiene una participación activa en las tareas de búsqueda, identificación y restitución de restos de víctimas de desaparición forzada mediante un convenio entre la Subsecretaría y el Equipo Argentino de Antropología Forense.
Así mismo, también se dispone la recepción de denuncias y testimonios, así como responder a solicitudes de información realizadas por ex detenidos desparecidos o familiares de las víctimas.